England im Jahre 1585: Königin Elisabeth (Cate Blanchett) sitzt zwar schon fast drei Jahrzehnte auf dem britischen Thron, dennoch muss sie um ihre Regentschaft bangen:
Die Armada des spanischen Königs Philip II. (Jordi Mollá) bedroht die eigene Flotte und das Land. Philip - ein überzeugter Anhänger des traditionellen Katholizismus und Vorkämpfer der Inquisition - will mit allen Mitteln die britischen Inseln, die sich unter Heinrich VII. von Rom losgesagt hatten, wieder in den päpstlichen Einflussbereich bringen.
Während die außenpolitische Krise ihrem Höhepunkt entgegenstrebt und die Autonomie des Königreiches bedroht wird, herrschen in Elisabeths Privatleben wie auch am englischen Hof Verschwörung und Intrige:
Da ist zunächst ihre Liebe zu Sir Walter Raleigh (Clive Owen) – einem Abenteuer, der schon wegen seines niedrigeren Standes nicht als Liebhaber oder gar Ehemann für sie in Frage kommt. Um ihn dennoch um sich haben zu können, ermuntert Elisabeth ihre Zofe Bess (Abbie Cornish), mit Raleigh ein Verhältnis einzugehen. Doch als sich die beiden dann tatsächlich näher kommen, kann sich Elisabeth - obwohl Anstifterin dieser Beziehung - der Eifersucht kaum erwehren.
Doch dessen nicht genug: Zur gleichen Zeit deckt ihr Berater, Sir Francis Walsingham (Geoffrey Rush), ein Mordkomplott gegen die Königin in dem längst überwunden geglaubten Erbfolgestreit auf, das nun die ganze Aufmerksamkeit der Monarchin erfordert, ist doch darin auch ihre eigen Cousine, Mary Stuart (Samantha Morton) verwickelt.
Zu allem Überfluss kommt aus Spanien die Nachricht nach England, dass die Armada des spanischen Königs die Anker gelichtet und Kurs auf das Inselkönigreich genommen hat...