Bei den Effekten wollte Aronofsky etwas zeitloses schaffen und experimentierte mit seiner eigenen Firma "Amoeba Proteus" unter Mitwirkung von deren Mitarbeitern Jeremy Dawson und Dan Schrecker, worauf er sich dann der Hilfe des Optik-Experten Peter Parks bediente, der unter anderem visuelle Sequenzen bei "Superman" (1978) entstehen ließ.
Dabei sollte der Look originär nicht im Computer generiert werden. Stattdessen wurden Aufnahmen chemischer Reaktionen verwendet, die denen ähneln, wie sie auch das Hubble-Teleskop liefert. Mit digitaler Bearbeitung entstand daraus schließlich das Raumschiff, das durch den stellaren Nebel fliegt. Um den Raumfahrer in diese Sequenzen zu befördern, wurde Darsteller Hugh Jackman vor Greenscreen gedreht und anschließend in die Bilder hineinmontiert.
Bei der Beleuchtung beschritten die Techniker einen ungewöhnlichen Weg: Der Hintergrund des Weltalls wurde während des Drehs auf das Set projiziert, damit das Licht der verschiedenen Teile besser beurteilt werden konnte und bei der nachträglichen Kombination besser zusammen passte.
Handarbeit war auch bei den Blüten angesagt, die aus Tomas´ Körper sprießen. "Wir nahmen etwa 60 große Plastikblasen und klebten Blätter und Blumen darauf. Sobald man sie aufblies, sahen sie wie richtige Sträuße aus. Hugh hatte sogar eine davon in seinem Mund. Die einzige Schwierigkeit war es dann nur noch, gleichzeitig den richtigen Luftdruck zu erzeugen."
Auch der Baum des Lebens wurde als greifbares, vier Meter hohes Modell gefertigt. Der Brunnen davor wurde allerdings im Computer kreiert, ebenso wie der Maya-Tempel in der Totalen und Teile des Palastes in Sevilla.