Lyra Belacqua (Dakota Blue Richards) ist ein aufgewecktes Mädchen von 12 Jahren. Sie ist ein Waisenkind und lebt im Jordan College, in der englischen Stadt Oxford. Jedenfalls lebt sie auch dort.
Tatsächlich lebt Lyra nicht nur in unserer Welt, sondern zugleich auch in einer Vielzahl von Parallelwelten. Mit dabei - egal in welcher Welt sie auch gerade sein mag - ist ihr guter Gefährte Pantalaimon, ein Tier und Daemon zugleich.
In einer von Lyras Parallelwelten gibt es mächtig Ärger: Eine diktatorische Verwaltung namens Magisterium unterjocht die Bevölkerung. Schlimmer noch: Eine geheimnisvolle Gruppe, "Gobbler" genannt, entführt Kinder und missbraucht sie zu Forschungszwecken in einem Geheimlabor hoch im Norden - das jedenfalls besagen Gerüchte.
Als auch Lyras bester Freund Roger (Ben Walker) entführt wird, schwört Lyra, ihn zu befreien. Dazu muss sie selbst irgendwie dort hin kommen...
Eine erste Chance bietet sich, als ihr etwas kautziger Onkel, Lord Asriel (Daniel Craig), mit seinem Luftfahrzeug zum Nordpol begibt, um kosmischen Sternenstaub zu erforschen, den es dort regnen soll. Aber zu Lyras großer Enttäuschung lehnt der Onkel es ab, sie auf die weite und gefährliche Reise mizunehmen.
Bald aber schon tut sich eine weitere Gelegenheit auf, als die junge Weltenbummlerin Mrs. Coulter (Nicole Kidman) an Lyras Schule kommt. Bevor die eigentlichen, ganz großen Abenteuer beginnen, bekommt Lyra ein "Alethiometer" geschenkt, ein höchst nützliches Gerät, das Lüge und Wahrheit zu erkennen vermag, wenn man es denn nur zu benutzen versteht.
Die Bedienungsanleitung für das Alethiometer finden, Roger befreien, die Welt von den Gobblern und dem Magisterium erlösen ... die 12-jährige hat sich so einiges vorgenommen...