Spanien, 1792: Die Inquisition diskutiert über die Bilder eines gewissen Francisco Goya (Stellan Skarsgård), die Armut und das Elend der Bevölkerung zeigen. Ist, wer Spanien so darstellt, ein Gotteslästerer? Pater Lorenzo (Javier Bardem) und der Großinquisitor (Michael Lonsdale) kommen schließlich zu dem Ergebnis, dass Goya lediglich die Welt so zeigt, wie sie ist. Nicht Goya ist schlecht, sondern die Realität, und also gibt es reichlich Arbeit für die Inquisitoren.

Bald schon gerät Inés Bilbatua (Natalie Portman), eine junge hübsche Frau, die Goya unlängst Model gesessen hatte, in den Verdacht, heimlich jüdische Riten zu praktizieren, hatte sie doch in einer Taverne einen ihr angebotenen Schweinebraten abgelehnt.

Inés gesteht unter Folter, und ihr droht nun die Todesstrafe. Aber ihrem wohlhabenden Vater Tomás Bilbatua (José Luis Gómez) gelingt es, Goya davon zu überzeugen, sich für Inés bei Pater Lorenzo einzusetzen, den Goya ohnehin gerade portraitieren soll. Es kommt zu einigen ebenso turbulenten wie skandalösen Verwicklungen, in deren Ergebnis Inés - wenn auch weithin eingekerkert - mit dem Leben davonkommt, während Pater Lorenzo Spanien fluchtartig verlassen muss.

15 Jahre später: Napoleons Truppen haben Spanien erobert. Die Inquisition ist abgeschafft, die Opfer aus den Kerkern befreit. Stattdessen stehen jetzt die Inquisiteure selbst vor Gericht. Und einer der eifrigsten Ankläger des alten Regimes ist: Pater Lorenzo.

Aber Inès, die nach ihrer Befreiung aus dem Gefängnis inzwischen neuerlich bei Goya Schutz gefunden hat, droht Lorenzo ein weiteres Mal zu Fall zu bringen: Sie hat hinter Gittern vor 15 Jahren einer Tochter das Leben geschenkt, deren Vater der politisch so flexible Pater Lorenzo ist. Es kommt zu einer schicksalhaften Begegnung...

Milos Forman, der bei "Goyas Geister" sowohl Regie führte als auch am Drehbuch mitarbeitete, kam die Idee zu diesem Film bereits vor 50 Jahren, als er an der Filmhochschule in der damaligen Tschechoslowakei studierte:

"Eigentlich war Goya gar nicht der Ausgangspunkt, es begann mit einem Buch über die spanische Inquisition, das ich während meines Studiums gelesen hatte. Es ging um einen Vorfall, bei dem jemand fälschlicherweise eines Verbrechens bezichtigt wurde, was ich als den Ausgangpunkt einer starken Geschichte betrachtete. Immerhin gab es eine ganze Reihe von Parallelen zwischen der spanischen Inquisition und der kommunistischen Gesellschaft, in der wir damals lebten.

Dieser Zeitabschnitt faszinierte mich deshalb so stark, weil er mit all seinen Paradoxen und Veränderungen, die sich in ihm abspielten, jene Zeiten reflektierte, die ich selber durchlebt hatte: Zuerst eine Demokratie, dann das Dritte Reich, dann die Kommunisten, dann wieder eine Demokratie, danach erneut die Kommunisten und jetzt wieder eine Demokratie.

Dieser Wechsel ähnelt dem Spanien Anfang des 19. Jahrhunderts. König Carlos repräsentierte die alte Garde, als plötzlich Napoléon das Land besetzte und mit ihm der Fortschritt kam, die Ideale und Werte der französischen Revolution. Aber was ist das? Dies erinnert mich an die Zeit in meinem Leben, als die Sowjets der Tschechoslowakei 'Freiheit' brachten. Anstatt den Spaniern wirklich Freiheit zu geben, installiert Napoléon seinen Bruder auf dem spanischen Thron, bis er und die Franzosen von Wellington und den Briten vertrieben wurden, die dann aber der repressiven spanischen Monarchie zurück an die Macht verhalfen. Eine fürwahr sehr interessante Zeit!"

Die Dreharbeiten zu "Goyas Geister" begannen im Herbst 2005 mit den Aufnahmen in Goyas Atelier in einem Gebäude eines verlassenen Gutshofes in der Nähe von Madrid, in dem Dorf San Martín de la Vega. Hier drehte Forman die Szenen, in denen Goya Portraits von Inés und Pater Lorenzo malt. Auch die Szenen, in denen Goya in gewissenhafter Konzentration an seinen Stichen arbeitet, wurden in diesem Atelier gedreht. Szenen, die in einem Irrenhaus und in den Kerkern der Inquisition spielen, wurden ebenfalls in dem aus dem 16. Jahrhundert stammenden Gut gedreht.

Danach zog das Team weiter in die zwei Stunden weiter nördlich gelegene Stadt Segovia, wo Forman die Invasion Spaniens durch Napoléons Truppen inszenierte. Segovia dient hier als das alte Madrid, da der restaurierte, historische Ortskern mit seinen schmalen Wegen, seinem Autofahrverbot und den romanischen Kirchen dem Aussehen der spanischen Hauptstadt vor 200 Jahren ähnelt.

Auf dem Marktplatz entstanden die Szenen, in denen die berittene französische Armee - unterstützt von Mamelucken, einer elitären Kriegerkaste Ägyptens, die Napoléon in sein Heer integriert hatte - in die Stadt einfällt, während sie die spanischen Bürger 'befreit', jedoch den Ort in ein allgemeines Chaos stürzt, Frauen vergewaltigt, Geschäfte plündert und wahllos tötet. Forman drehte die Invasion mit zwei Teams zusammen mit seinem langjährigen Produktionsassistenten Michael Hausman.

Auf dem Platz mit seiner angrenzenden, strengen romanischen Architektur wurden auch einige Schlüsselszenen gedreht, die vor dem Haus der Bilbatua-Familie spielen.

Zeitgleich mit dem Film "Goyas Geister " in der Regie von Milos Forman liefen am 23.11.2006 in Deutschland im Kino auch die folgenden Spielfilme an: