Wie jedes Jahr verbringt auch diesmal die zehnjährige Emma (Zoë Mannhardt) ihre Sommerferien auf dem Lande bei Großmutter Dolly (Katharina Thalbach). Zusammen mit Leo (Karl-Alexander Seidel) und Max (Konstantin Kaucher) will sie einen aufregenden Urlaub genießen, und Aufregung soll sich tatsächlich bald einstellen. Bei ihrem Eintreffen steht die Beerdigung des alten Klipperbusch bevor, der einen Bauernhof im Dorf hatte.

Dessen Neffe Albert Gansmann (Christoph Maria Herbst) ist ebenfalls gekommen und freut sich schon auf das üppige Erbe seines Onkels. Der raffgierige "Alligator", wie ihn Leo und Max nennen, plant bereits, das Gelände des Hofs zu planieren, um dort einen gewinnbringenden Supermarkt aufzubauen. Zum Inventar gehört auch die Stute Mississippi, und die will Gansmann kurzerhand beim Pferdeschlachter Pit (Ingo Naujoks) loswerden.

Als Emma dies erfährt, kann sie Dolly überzeugen, das Pferd zu retten, die kauft dem neuen Besitzer das Tier ab und überlässt es dem überglücklichen Mädchen. Doch deren Glück ist nur von kurzer Dauer, denn erstens hat die eigensinnige Stute bis auf Klipperbusch noch niemand auf sich reiten lassen, und außerdem steht Gansmann kurze Zeit später bei ihnen vor der Tür und will das Tier zurückkaufen. Trotz der hohen Summe, die Alligator ihr bietet, lehnt Emma ab.

Der stiftet daraufhin den Automechaniker Hinnerk (Milan Peschel) an, in Dollys Haus einzubrechen und den Kaufvertrag zu stehlen. Da Emma wohlweislich den Vertrag kopiert hatte, bleibt Mississippi jedoch ihr Eigentum. Dann erfährt sie, warum Gansmann auf einmal so scharf auf das Pferd ist: Der Verschiedene hat in seinem Testament verfügt, dass er den Hof nur dann erben kann, wenn er für Mississippi sorgt. Doch Gansmann hat seine Pläne noch nicht aufgegeben...

Rund zwei Monate drehte das Team im nordwestmecklenburgischen Rögnitz, einem winzigen Dorf mit gut zweihundert Seelen. Die meisten Gebäude hier sind noch in ihrer ursprünglichen Form erhalten und in altertümlicher Bauweise, teilweise noch unter Verwendung von Findlingen entstanden. Im Ort selbst wie auch in der näheren Umgebund bieten sich zahlreiche Motive, die als Hintergrund für "Hände weg von Mississippi" gedient haben. Die Landschaft mit ihren sanften Erhebungen und den Farben der Natur, verfallene Hütten und Tiere in ihrer natürlichen Umgebung bildeten die Kulisse, und die bodenständigen Einwohner stellten sich als Komparsen zur Verfügung.

Immer wenn die Glocke in der alten Feuerwache, neben einer Käserei gelegen, geleutet hat, kamen sie herbei, um die neuesten Filmmuster von "Hände weg von Mississippi" zu begutachten. Vorher gab es rustikale Verpflegung: Ziegenkäse mit Bauernbrot, dazu Bier oder Wein und für die Kinder Saft. Oder es gab Räucherfisch, aber auch scho einmal mecklenburgische Sahnetorte oder Apfelkuchen.

Während der Vorbereitungen zum Dreh fand in Deutschland auf die Fußballweltmeisterschaft statt. Wenn ein Spiel lief, stellte Bürgermeister Lemmi, der auch einen Getränkehandel betreibt, seine Scheune zur Verfügung. Das Filmteam schaffte es zehn Minuten vor Anpfiff des Eröffnungsspiels, einen Videobeamer heranzuschaffen, damit die herbeigeeilte Schar das Ereignis auch adäquat großformatig verfolgen konnte.

Ein großes Erlebnis für alle Mitwirkenden war aber auch das Dorffest im Film, das zu einer handfesten Schlägerei ausartete. Kinder und Erwachsene hatten gleichermaßen ihren Spaß daran, sich mit Sahnetorten zu bewerfen und mit Fischen zu verprügeln. Vorbereitet wurden sie dazu von professionellen Stuntleuten, die sie in die Tricks einer solchen Massenkeilerei einweihten.

Die Dreharbeiten von "Hände weg von Mississippi" fanden in der Gemeinde Rögnitz statt. Sie liegt innerhalb des Biosphärenreservats Schaalsee im Nordwesten von Mecklenburg-Vorpommern. Die Landschaften hier sind weitgehend unberührt, und die alten Bauernhöfe und Gebäude waren die ideale Kulisse für das heile Landleben. Wegen der Lage am Westrand der früheren DDR blieben Wald und Flur über Jahrzehnte fast unverändert erhalten, die so ein ungestörtes Rückzugs- und Siedlungsgebiet für die Pflanzen- und Tierwelt darstellten.

Im Januar 2000 wurde das Gebiet um den Schaalsee von der UNESCO als Biosphärenreservat deklariert. In solchen Modellregionen soll versucht werden, einen Ausgleich zwischen den Interessen des Naturschutzes und der Wirtschaft zu schaffen. Diese Gebiete entstehen mit der Absicht, das Zusammenleben von Mensch und Natur mit bewusster Nachhaltigkeit auch in Zukunft zu ermöglichen.

Dabei steht die Erhaltung natürlicher Lebensräume und die Artenvielfalt von Flora und Fauna ebenso im Blickpunkt die auch die wirtschaftliche Entwicklung, ressourcensparender Landbau und schließlich die Forschung. Biosphärenreservate werden in drei Schutzzonen unterteilt. Die Kernzonen liegen in Naturschutzgebieten und dürfen nicht wirtschaftlich genutzt werden. die Pflegezonen dienen der Erhaltung der Kulturlandschaft durch schonende Landnutzung, während die Entwicklungszonen sich noch im Aufbau befinden.

Zeitgleich mit dem Film "Hände weg von Mississippi " in der Regie von Detlev Buck liefen am 22.03.2007 in Deutschland im Kino auch die folgenden Spielfilme an: