Nach dem überwältigenden Erfolg seines ersten Spielfilms "Der Schuh des Manitu" stellte Comedian Michael Bully Herbig das Thema seines folgenden Films zur Abstimmung. Nachdem die Wahl der Zuschauer auf die Enterprise-Parodie "Traumschiff" fiel und damit "sissi" knapp abgeschlagen war, rumorte es unter den Fans des kaiserlichen Paares.
So kündigte Bully bereits bei der Premiere zu "(T)Raumschiff Surprise" an, dass sein Folgeprojekt endlich die Wechseljahre einer Kaiserin behandeln werde - so der Untertitel der Sissi-Sketche bei der Comedyshow "Bullyparade". Zusammen mit Co-Autor Alfons Biedermann, der schon in der Bullyparade und dann bei den ersten beiden Kinofilmen seine Ideen einfließen ließ, machte sich Bully dann an das Drehbuch zu "Lissi und der wilde Kaiser".
Der Entschluss, anders als die Vorgänger dieses Werk als 3-D-Animationsfilm zu realisieren, fällte Bully nach eigener Auskunft nach einer albtraumhaften Nacht, wo er sich schon als Schauspieler in höchst unbequemen Kostümen des 19. Jahrhunderts eingezwängt sah. Allerdings hatte das einen deutlich längeren Zeitraum zur Folge.
Mit viel Zeitaufwand entwarf Bully mit seinen Zeichnern hunderte von Skizzen, die Figuren, Kulissen und Gegenstände bis ins Detail enthielten. Besonderes Augenmerk legte der Regisseur auf die Charaktere von "Lissi und der wilde Kaiser". Erst nachdem diese auf dem Papier seine Zustimmung gefunden hatten, wurden nach deren Vorlage Maquette erstellt. Das sind maßstabsgerechte Modellfiguren, die ihrerseits per Scan in den Computer übernommen und dort weiterbearbeitet werden.
Auch die über tausend Einstellungen für die Kamera entstanden zunächst auf dem Papier und bildeten das Storyboard, mit dessen Hilfe anschließend die Sequenzen montiert wurden. In dieser Phase wurde auch ein Tonstudio angemietet, wo die Synchronsprecher den Filmfiguren ihre Stimme verliehen. Rund sechs Monate später lag dann die erste Rohfassung vor.
Zu dem etwa 130 Fachkräfte starken Filmteam zählten allein über fünfzig Animatoren, und wiederum zahlreiche Spezialisten, so etwa für das Modellieren, Licht und Schatten, die Simulation von Kleidung und Haaren, das Zusammenwirken der Figuren, Requisiten und Kulissen oder das Rendern, um nur einige zu nennen.