Fünf Jahre nach den schrecklichen Ereignissen in Raccoon City ist fast die gesamte Erdbevölkerung von dem ebenso rätselhaften wie tödlichen T-Virus befallen. Nur wenige Menschen sind von einer Infektion mit dem heimtückischen Organismus verschont geblieben, darunter auch Alice (Milla Jovovich), die über ein Notsignal in eine Falle von durchgedrehten Überlebenden gerät.
Nachdem sie ein paar untote Köter im Kampf ersticht, kann sie sich aus ihrer Gefangenschaft befreien und stößt in der Wüste von Nevada auf ihre bewährten Mitstreiter vom Ex-Soldaten Carlos Oliveira (Oded Fehr) und L.J. (Mike Epps), die beide das Nemesis-Programm überlebt haben.
Verstärkung erhalten sie von Claire Redfield (Ali Larter), die eine der Kolonnen von Überlebenden anführt, die junge K-Mart (Spencer Locke), die in einem KMart-Kaufhaus aufgefunden wurde, wo sie sich versteckt hielt, und schließlich noch Krankenschwester Betty (Popstar Ashanti).
Eine Aufzeichnung, die Alice findet, bringt die Gefährten nach Norden in Richtung Alaska. Dort soll es einen Ort namens Arcadia geben, in dem der Trupp in Sicherheit wäre, und so machen sie sich in einem ausrangierten Schulbus auf den Weg.
Derweil sind der Forscher Dr. Isaacs (Iain Glen) von der Umbrella Corporation und deren Chef Albert Wesker (Jason O'Mara) bestrebt, aus genetischem Material von Alice Klone herzustellen und die Kämpferin zu diesem Zweck gefangenzunehmen. Mittels Satellit können sie ständig den Aufenthaltsort von Alice orten.
Doch auch Horden von Zombies und durch den Virus mutierten Krähen gefährden die Streitgenossen. Wie gut, dass Alice von ihren in biogenetischen Experimenten erlangten Superkräften profitieren kann. Und auch schwere Waffen und Flammenwerfer sind ein geeignetes Mittel, um die Unzahl der Feinde zu bekämpfen...