Superman (Brandon Routh) wurde einst als Kal-EL auf dem inzwischen untergegangenen Planeten Krypton geboren und wuchs als Adoptivkind unter dem Namen Clark Kent (Stephan Bender) in Kansas auf. Seine Freunde und Nachbarn kennne ihn nur als den bescheidenen jungen Mann, doch wenn Gefahr droht, dann verwandelt er sich unbemerkt in Superman, dann nutzt er seine übernatürlichen Kräfte, und dann besiegt er sogar die Schwerkraft und fliegt um die Welt. "Die Welt" - das ist hier vorwiegend die Stadt Metropolis, in der auch seine große Liebe Lois Lane (Kate Bosworth) lebt, die als Reporterin für den "Daily Planet" arbeitet.
Doch seit fünf Jahren muss die Welt ohne Superman auskommen. Auf der Suche nach den Spuren seiner Vergangenheit hat er sich ins Weltall verabschiedet, um die Reste seines Planeten zu besuchen, die Astronomen kürzlich entdeckt hatten. Und auch Lois Lane hat sich einem Anderen zugewandt, sich mit dem Neffen ihres Chefredateurs Richard White (James Marsden) verlobt und ist mittlerweile Mutter eines kleinen Sohnes - Perry (Tristan Leabu) - geworden.
Als sich Superman dann schließlich doch entschließt, wieder auf die Kent-Farm zurückzukehren, ist sein Alter Ego Clark einigermaßen pikiert: Nicht nur dass seine Herzensdame sich einem anderen Mann zugewandt hat, auch dass sie in kürze den Pulitzer-Preis entgegennehmen wird - für ihren Artikel "Warum die Welt Superman nicht braucht". Doch da ist sie schief gewickelt: Gerade als Kent wieder seinen alten Job beim Daily Planet angenommen hat, sitzt die geliebte Kollegin in einem Jet, auf dem der Presse erstmalig ein Passagier-Raumflug per Space-Shuttle demonstriert werden soll - eine Panne hierbei erfordert jedoch Supermans ersten Einsatz seit seiner Rückkehr.
Doch das ist nur eine Fingerübung dafür, was auf ihn und die Welt noch zuzukommen droht: Erzfeind Lex Luthor (Kevin Spacey) wurde wegen Supermans Abwesenheit in der Berufungsverhandlung freigesprochen. Kaum aus dem Gefängnis entlassen, hat er sich außerirdisches Wissen und Material besorgt, um mit dem gigantischen Wachstum von Kristallen einen neuen Kontinent zu erschaffen - mit Kryptonit-Einlage, um sich den lästigen Weltretter vom Hals zu schaffen...