Die Produktion von TMNT nahm weit über 28 Monate in Anspruch. Zwei Teams an zwei verschiedenen Orten arbeiteten rund um die Uhr an dem Projekt: Regisseur Kevin Munroe und seine siebzigköpfige Animationscrew in Sherman Oaks nahe Los Angeles, sowie über 300 Künstler auf der anderen Seite des Pazifik, in den Imagi Studios in Hongkong.
Dank Highspeed-Internet und Zeitverschiebung konnten die beiden Teams zusammen ohne Unterbrechung 24 Stunden arbeiten. Wenn in Los Angeles ein Arbeitstag zu Ende ging, begann er in Hongkong – und umgekehrt.
Dennoch gab es Hindernisse, die selbst die modernste Technik nicht überwinden konnte: das Sprachproblem. Amüsiert berichtet der Produzent Paul Wang, was während eines Briefings geschah, das Munroe mit der Crew in Hongkong abhielt: "Kevin spricht Slang, und es dauerte mehrere Meetings, bis die Mitarbeiter verstanden, dass er, wenn er 'cool' sagte, damit nicht die Außentemperatur meinte."
Munroe war von der Zusammenarbeit mit dem Imagi-Team in Hongkong begeistert: "Die Künstler dort haben ein großes Faible für Martial Arts, was dem Film sehr zugute kommt. Viele Leute sind zwischen zwanzig und dreißig Jahre alt und sind dementsprechend mit Kung-Fu-Streifen aufgewachsen. Als ich beispielsweise zu ihnen sagte, dass sie in dieser Kampfszene ihre eigene Vorstellung von einem Kung-Fu-Duell einbauen sollen, überschlugen sie sich geradezu vor Freude!"
Munroes Konzept beinhaltete auch, dass Leo, Raph, Mikey und Don völlig anders aussehen sollten als in den Zeichentrickserien. "In den TV-Shows wirken die Ninja Turtles gar nicht mehr wie Teenager, sondern nur noch wie massige Schwarzenegger-Typen, die über Pizza streiten." Die Figuren mussten also wieder verjüngt werden und weichere, kindlichere Züge haben. Darüber hinaus sollte jeder der vier Ninja Turtles neben den üblichen Unterscheidungsmerkmalen wie Augenbinde, Hautfarbe und Waffe eine individuelle Prägung bekommen.